Hola.
El diseño de una maqueta es algo que requiere pensarlo mucho y muy bien, y aún así es fácil cometer errores.
No se si conoces mi Web
Quiero una maqueta Ahí tienes muchos consejos.
Sobre las cosas que dices hay algunas con las que no estoy de acuerdo. En particular hacer una maqueta plana y sin zonas ocultas acaba por ser un tiovivo en el que los trenes dan vueltas. No me extiendo en esto pero en la web que te he dicho lo explico con detalle.
Coincido en que las maquetas prefabricadas como las Noch tienen muchos problemas, no solo por lo abigarradas sino por curvas demasiado cerradas y vias de apartadero cortísimas en las que no cabe un tren digno de ese nombre.
Sobre los otros puntos:
Märklin tiene una catenaria para la escala Z, y es funcional, es decir que las locomotoras con pantógrafo pueden tomar la corriente de la catenaria. Sin embargo, precisamente por ser funcional necesita una cierta solidez y para eso está hecha con una especie de pletinas que, a mi, me parecen feísimas. Por otra parte introduces una complicación técnica importante.
Los aficionados de Z que yo conozco no la usan por esos motivos. Lo que si hacen es poner los postes y los pórticos, y luego, si acaso una catenaria decorativa muy ligera hecha con hilo de costura o alambre de cobre muy fino, y los pantógrafos van levantados pero sin llegar a tocar la catenaria (retenidos con un tope a la altura adecuada) De hecho muchos no ponen más que los postes alegando que los hilos reducidos a escala Z serían tan finos que serían invisibles.
El balasto te vale cualquiera, que sea suficientemente fino. Hay también un producto que venden en IKEA para rellenar floreros, que va de cine. Efectivamente el balasteado se hace con la técnica de la cola con agua y fairy. Lo puedes ver en esta imagen:
Sobre el tema semáforos, hay bastante que hablar. Si te refieres a hacer un sistema de acantonamiento, que lleve semáforos al principio de cada cantón necesitarías al menos tres cantones y por lo tanto tres semáforos. (en la web que te recomendaba hay también un capítulo dedicado a este tema).
Aparte de los semáforos de acantonamiento se pueden poner también semáforos de salida en las estaciones y también semáforos de entrada, que pueden o no coincidir con un semáforo de cantón.